Magyar szuperszámítógép a tudomány szolgálatában

A Silicon Graphics Inc. (SGI) ALTIX ICE blade-szervere összesen 128 darab 3 Gigahertz órajelű négymagos Intel Xeon 5365-ös processzorral rendelkezik. Az 512 darab processzormag az 1 terabájt memóriával 6,5 teraflop, azaz másodpercenkénti 6,5 ezermilliárd 64 bites pontosságú művelet elvégzésére képes.

A szuperszámítógép érdekessége, hogy az új, külső kábelek nélküli összeköttetés révén a szerver váza mindössze 0,77 négyzetméternyi területet foglal el. A vízhűtéses rendszer nyáron 37 kilowattórányi elektromos áramot fogyaszt, télen viszont csak néhány kilowatt a fogyasztás, mivel a szervernek otthont adó épület külső, naptól védett oldalán található a hűtőrendszer.
Falus András akadémikus, a számítógép bemutatóján elmondta, hogy az olyan molekuláris biológiai kutatásoknál, mint amilyenek a genetikai, genomikai és fehérjekémiai kutatások, hatalmas adattömegeken végeznek elemzéseket, ezért a nagy memóriakapacitás mellett a műveleti párhuzamosság is fontos.

Szalai Csaba genetikus szerint a számítástechnika fejlődésének rendkívüli jelentősége van a biológiai kutatásokban, mert az emberi géntérkép elkészítése 13 év alatt 3 milliárd dolláros költségvetéssel valósulhatott meg, a jelenlegi technológiával ehhez mindössze 7 napra és 10 ezer dollárra lenne szükség. Ezt a fejlődés magyarázza az is, hogy a világ szuperszámítógépeinek 20-30 százalékát biológiai kutatásokra használják.

A szuperszámítógép a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal támogatásával 2009 elején indult négy évig tartó GENAGRID projekt részeként üzemel, amelyben akadémiai oldalról a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem (BME), az MTA KFKI RMKI és a Semmelweis Egyetem (SE) vesz részt. A kutatásokat egy több éves múltra visszatekintő, több szakterületet lefedő kutatócsoport vezeti, amelyben tucatnyi magasan képzett informatikus, biomérnök, bioinformatikus, orvos és biológus kutató dolgozik a diákok szoros közreműködésével.

A GENAGRID rendszert nagy teljesítményű grid alapú adatbázisok, tudásbázisok, szolgáltatások és eljárások halmaza alkotja, amelyet kifejezetten genetikai asszociációs kísérletek tervezéséhez, végrehajtásához, valamint genetikai kutatás-fejlesztéshez terveztek.